Il XIII fu un grande secolo per Perugia, soprattutto per la sua definizione di città in quanto tale. Le mura etrusche, gravemente danneggiate da incendi ed assedi vari vennero restaurate ed elevate, le abitazioni nobiliari e quelle dei borghesi più ricchi si dotarono di torri. La città giunse a possederne fino a settanta, come riportano alcuni cronisti, guadagnandosi l'appellativo di Turrena.
Attualmente non ne restano molte, anzi, l'unica testimonianza intatta di questo periodo di espansione è rimasta la Torre degli Sciri. La città etrusca si fuse lentamente con quella del Duecento, assumendo un profilo più aspro e ostile, un carattere che si discostava di molto dalle vicine Siena, Pisa e Firenze.
Nel 1275 Nicola e Giovanni Pisano, i massimi esponenti della scultura gotica in Italia, realizzano la Fontana Maggiore, ineguagliabile monumento di acqua, marmo e bronzo, alla quale si aggiunge la chiesa di San Francesco al Prato, ma soprattutto il Palazzo dei Priori.
Sorsero una nuova fila di mura, la seconda, che si aggiunse a quella etrusca e che diede alla città la caratteristica fisionomia che mantiene ancora oggi.